Галактическая Республика, веками хранившая мир в обширном космосе, дышит на ладан. Её фундамент трещит по швам под грузом бюрократии и коррупции, а в Сенате зреет ядовитый плод сепаратизма. Во главе раскола встаёт харизматичный и опасный граф Дуку, бывший джедай, чьи истинные мотивы окутаны мраком. Когда на жизнь сенатора Падме Амидала, ярую противницу создания армии Республики, совершается покушение, Совет джедаев видит в этом угрозу всему политическому порядку.
Для защиты сенатора назначаются двое: опытный, верный кодексу мастер Оби-Ван Кеноби и его юный падаван, Энакин Скайуокер. Их пути вскоре расходятся. Задание Оби-Вана превращается в детективное расследование, которое заводит его в самые тёмные углы урбанистического ада Корусанта, а затем и далеко за его пределы — по следу ядовитой убийцы-катаранки. Этот след приводит его на отдалённую водную планету Камино, о существовании которой в архивах Храма джедаев нет ни единой записи. Там он обнаруживает шокирующую правду: по заказу давно пропавшего мастера-джедая для Республики уже выращивается громадная, идеально дисциплинированная армия клонов.
Пока Оби-Ван пытается осмыслить это открытие и пускается в погоню за правдой через всю галактику, Энакин получает более личное поручение. Он сопровождает Падме в убежище на её идиллической родной планете Набу. В окружении зелёных холмов и озёрных гладей, вдали от сурового надзора Совета, формальные отношения защитника и подопечной начинают трещать по швам. Между ними просыпается давнее чувство, вспыхивает запретная страсть. Энакин, разрывающийся между клятвой джедая и пылающим сердцем, всё чаще терзается и кошмарными видениями — пророческими снами о страданиях своей матери.
Тем временем граф Дуку собирает под свои знамена могущественных промышленников и уставшие от власти миры, формируя альянс сепаратистов и тайно строя собственную колоссальную армию боевых дроидов. Галактика, не подозревающая о готовящейся буре, балансирует на лезвии вибрационного меча. Джедаи, хранители мира, оказываются в центре паутины интриг, где никому нельзя доверять, а каждое действие приближает неминуемый конфликт.